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Formation en bioinformatique

Pour analyser au mieux les résultats obtenus dans les différents projets de l’équipe Structure et évolution des génomes (SEG) concernant la génétique et la génomique canne à sucre, je me suis inscrite en septembre 2014 à quatre modules du master STIC pour la Santé, spécialité « Bioinformatique, Connaissances, Données » de l’Université de Montpellier.

Cette spécialité a pour objectif de former les étudiants issus des Sciences du Vivant (agronomie, biologie moléculaire, biologie cellulaire, physiologie, biochimie) aux besoins spécifiques de la bioinformatique (algorithmique dédiée, analyse de séquences et de génomes, prédictions structurales, phylogénie…).

J’ai suivi au premier semestre deux modules d’informatique (« Introduction à l’algorithmique » et « Programmation ») pour acquérir les bases indispensables que je ne maîtrisais absolument pas, ayant une formation initiale en biochimie et biologie moléculaire. Marianne Huchard réussit à nous parler de programmation par objets avec beaucoup de pédagogie et d’enthousiasme, l’idéal pour des novices en informatique !

Au second semestre, les modules proposés permettent de faire le lien entre biologie et informatique. J’ai choisi deux de ces modules : « Information biologique et outils bioinformatiques » et « Algorithme pour la bioinformatique ».  Le premier permet de comprendre comment les données de génomique et biologie moléculaire sont organisées dans les bases de données généralistes et finalement de concevoir des bases de données locales à partir de ces bases de données généralistes. Le second module présente les fondements d’algorithmes classiques en bioinformatique et fournit des éléments de réflexions pour une meilleure interaction entre biologistes et bioinformaticiens.

Je conseille vivement cette formation à tous les biologistes qui souhaitent acquérir les bases d’informatique et de bioinformatique pour analyser leurs données de génomique ou transcriptomique.
Osez braver l’inconfort des amphis de la fac et les séances de cours de 5h00 où l’on finit en hypoglycémie !

Publiée : 15/05/2015

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