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Journée ouverte sur la gestion des données de phénotypage des plantes et l'interopérabilité

Cette séance est co organisée par le GiS Biotechnologies vertes, Bioversity international et le Cirad (Agap). Elle se tient dans le cadre de l'atelier qui réunit du 31 mars au 4 avril, 45 scientifiques co-organisé par Bioversity et le Cirad dans le cadre du projet du Generation Challenge Programme sur la Crop Ontology.

L'évènement se déroulera sur le site de Montpellier à Lavalette

Le Challenge Programme Generation (GCP) concentre ses efforts sur l'amélioration des plantes cultivées pour des environnements difficiles sujets à la sécheresse, l'assistance aux chercheurs des pays en développement pour un accès plus large aux ressources génétiques et aux technologies. Pour réussir les sélectionneurs doivent comprendre les interactions génotype environnement et identifier les bases génétiques et l'héritabilité des caractères d'adaptation, qui demandent d'exploiter un volume croissant d'information reliée à l'agriculture et d'harmoniser la terminologie utilisée entre les disciplines pour décrire les phénotypes des plantes cultivées. De ce fait, huit centres du GCRAI et leurs partenaires nationaux ont développée la Crop Ontology (CO) qui inclut pour le moment la description des caractères utilisés par les  sélectionneurs de 15 cultures: manioc, bananier, orge, pois chiche, haricot, vigne, arachide, maïs, mil, pois, pomme de terre, riz, sorgho, blé et igname. CO est une source ouverte de listes standard de caractères, méthodes et échelles pour les cahiers de notation des sélectionneurs et les systèmes d'information comme le CCAFS dépôt global des essais agricoles et la base de données internationale du Manioc du projet Cassava next generation sequencing.

La Crop Ontology vise à assister l'analyse et l'interopérabilité des données obtenues à travers les différents sites d'évaluation et les réseaux de phénotypage en facilitant les échanges de données portant sur les caractères entre les modèles de plantes cultivées. Plus précisément elle vise à a) permettre le nettoyage par la communauté des listes de référence des caractères, les méthodes de mesure et les échelles, et les variables environnementale et de gestion des essais utilisés par les sélectionneurs b) d'harmoniser l'annotation des données des sélectionneurs entre les sources, particulièrement les cahiers de notation de terrain et les bases de données phénotypiques.
Le projet Crop Ontology (www.cropontology.org) stimule et facilite les discussions entre sélectionneurs, gestionnaires de données, généticiens, modélisateurs qui ont besoin de s'accorder sur les meilleures pratiques pour gérer et partager leurs données.

Publiée : 03/04/2014

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