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Structure et évolution des génomes (SEG)

Contexte et enjeux

Date de mise à jour : 24 juillet 2015

La thématique centrale de l’équipe est la compréhension de la structure et de l’évolution des génomes complexes (polyploïdes, interspécifiques) via des approches de génomique comparative, de génétique et de cytogénétique moléculaire.

Nos deux modèles d’étude sont le bananier et la canne à sucre, deux complexes d’espèces polyploïdesriches en formes interspécifiques, pour lesquels le Cirad est impliqué dans l’amélioration variétale. Pour étudier ces deux espèces, nous nous appuyons sur les nouvelles possibilités de séquençage massif et les données publiques disponibles sur le riz et le sorgho pour réaliser des approches de génomique comparative ainsi que sur des travaux spécifiques en matière de diversité moléculaire, de cytogénétique moléculaire, de cartographie génétique détaillée et de localisation de QTL d’intérêt agronomique.

Nous plaçons nos interprétations dans une perspective évolutive. Différentes échelles sont considérées : l’ensemble du génome; les chromosomes (translocations et autres remaniements); des régions particulières (délétions, duplications,…); des gènes particuliers impliqués dans diverses fonctions potentiellement soumises à sélection.

La richesse des comparaisons réalisées au niveau de l’équipe vient du fait qu’elle couvre des niveaux de différenciation variés entre génomes constitutifs d’une espèce polyploïde (canne à sucre, bananier), entre genres proches (canne à sucre / sorgho) ou plus distants (riz / autres espèces) ainsi qu’entre familles monocotylédones.

L’évolution de structures géniques, impliquées dans diverses fonctions soumises à sélection, représente un enjeu particulier car elle détermine la diversité et la variabilité adaptative au sein de chaque espèce.

Date de mise à jour : 24 juillet 2015

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