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Phénotypage Biochimique - PPB

Date de mise à jour : 24 février 2017

Etudier des méthodologies de biochimie moyen débit pour une meilleure compréhension du fonctionnement de la plante et de caractérisation de sa biomasse dans un contexte d’appui à l’amélioration génétique.

Objectifs

Le plateau de phénotypage biochimique (PPB) a pour objectif d’accompagner les équipes de recherche d’Agap et de leurs partenaires afin d’identifier et d’analyser les métabolites d’intérêt en lien avec leurs projets de recherche. Ces données permettront notamment d’appréhender les études d’expression de la variabilité génétique, d’interactions génotypes environnements, de génomique fonctionnelle ainsi que de paramétrer des modèles de simulation de croissance de la plante. Après ciblage des molécules, le plateau est capable de développer des méthodes robustes d’analyses à moyen débits et d’acquérir si besoin de nouvelles techniques. Il participe également au traitement et à la validation biologique des données, et accompagne les chercheurs  sur des plateformes extérieures afin de réaliser du phénotypage haut débit.

Savoir-faire

Le plateau possède une expertise dans l’étude du métabolisme carboné en lien avec :

  • l’analyse des relations sources/puits et de la plasticité de la plante sous contrainte du milieu (dosages carbohydrates non structuraux),
  • la caractérisation de la biomasse afin d’optimiser le multi-usage (Hemicelluloses, cellulose, lignines…),
  • le phénotypage des caractères d’élaboration de la qualité (baies de raisin, bois…).

Il vient en appui pour la calibration de modèles de prédiction par spectroscopie proche infra rouge des teneurs en métabolites clés de la biomasse du bois,  du sorgho…

Il a également des compétences dans d’autres domaines :

  • Purification des protéines et particulièrement de toxines fongiques,
  • Etude des molécules synthétisées en réponses aux stress : antioxidants, polyphénols, flavonoids…,
  • Enzymologie.

Equipements et installations

Le plateau se compose de 4 laboratoires dans le bâtiment 1 du Cirad (Lavalette) répartis en différents ateliers et équipements : dissection des plantes, stabilisation des échantillons, broyage des tissus, système d’extraction de bio-molécules, 2 systèmes HPLC avec détections : électrochimique, UV et réfractométrique, 2 systèmes de purification de protéines type FPLC, 3 appareils de spectrophotométrie UV/Vis (monocanal et micro plaques) et un spectromètre Proche IR.

Date de mise à jour : 24 février 2017

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