Ecole doctorale GAIA

Membres de Jury

• Madame Dominique THIS - directeur de thèse - MCFHC - Montpellier SupAgro
• Monsieur Laurent GENTZBITTEL - examinateur - professeur - ENSA Toulouse
• Monsieur Jérôme SALSE - examinateur - directeur de recherche - INRA Clermont-Ferrand
• Monsieur Vincent SAVOLAINEN - rapporteur - professeur - Imperial College London
• Monsieur Hadi QUESNEVILLE - rapporteur - directeur de recherche - INRA Versailles 
• Madame  Estelle JALIGOT - représentante de l'Ecole doctorale Gaia -  cadre scientifique - CIRAD Montpellier

Invités             

• Madame Stéphanie BOCS - encadrante - cadre scientifique - Cirad, Montpellier
• Monsieur Luc BAUDOUIN - encadrant - cadre scientifique - Cirad, Montpellier

Résumé

Le cocotier (Cocos nucifera L.) est une espèce côtière d’importance économique pour les zones tropicales, pour laquelle l’amélioration génétique se heurte à la faiblesse relative des ressources moléculaires à disposition des sélectionneurs. La connaissance de son génome de ses variations peut bénéficier des avancées en termes de ressources génomiques propre au cocotier, mais aussi des avancées sur le séquençage des génomes d’autres arecacées, dont le palmier à huile (Elaeis guinensis / oleifera) et le palmier dattier (Phoenix dactylifera), en lien avec les autres monocotylédones (recherche translationnelle). En retour cette connaissance peut contribuer à l’étude de l’histoire génétique des arécacées, notamment pour ce qui concerne l’évolution des familles et réseaux de gènes d’intérêt économique comme la tolérance à la salinité. L’analyse bioinformatique développée au cours de ces travaux a permis d’obtenir un protéome de référence du cocotier par l’amélioration de données transcriptomiques publiques en utilisant le génome du palmier à huile comme référence. Ces données ont permis une première analyse d’évolution de familles de gènes impliquées notamment dans les stress biotiques. Accompagnant le développement des premières données de séquençage du génome du cocotier, l’étude comparative du cocotier et d’autres palmacées a permis de compléter les hypothèses évolutives ayant conduit au génome actuel du cocotier et identifier des rétentions de gènes clés pour expliquer la biologie et l’adaptation de cette espèce. Enfin, la disponibilité, sur deux génotypes de cocotier, de données transcriptomiques retraçant leur réponse au stress salin a permis d’émettre des hypothèses sur ces mécanismes et leur variation au sein de l’espèce.