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Analyse fonctionnelle

Date de mise à jour : 16 novembre 2017

La compréhension de la fonction de l’ensemble des gènes, de leur régulation et de leurs interactions, constitue le grand enjeu de la génomique fonctionnelle.

Objectifs

L’objectif du plateau est d’aboutir à la détermination de la fonction d’un grand nombre de gènes impliqués dans les processus du développement, du métabolisme et de la réponse aux stress, intervenant dans la valeur agronomique et identifiés grâce aux séquençages comparatifs, aux méthodes basées sur la génétique d’association ou encore aux études d’expression à l’échelle des génomes qui sont en évolution rapide.

Le plateau d’analyse fonctionnelle de l'UMR Agap a pour vocation d’offrir, aux communautés scientifiques végétalistes, l’environnement et les outils pour conduire chez les espèces méditerranéennes et tropicales les études permettant d’élucider la fonction des gènes.

Savoir-faire, outils et ressources

Le plateau de génomique fonctionnelle dispose de matériels et d’outils adaptés à l’étude d’expression de gènes et à la constitution de vecteurs d’expression.

Le plateau est divisé en 5 ateliers spécialisés dans :

  • Le clonage de séquences d’intérêt
  • L’expression transitoire de vecteur en protoplastes / Transformation de bactéries compétentes
  • L’amplification de fragments jusqu'à15kb / Séparation de fragments sur gel d’agarose / Quantification des Acides nucléiques
  • L’extraction d’ARN / Synthèse de cDNA
  • La PCR quantitative

Les membres du plateau veillent aux évolutions technologiques et assurent l’accueil et la formation de personnels d’origines diverses (étudiants, techniciens, chercheurs).

Equipements et installations

Le plateau technique d’analyse fonctionnel se situe sur le site du Cirad Lavalatte. Il est à disposition de toutes les équipes de l’unité et de leurs partenaires.

Il se compose d’appareils :

  • pour le dosage d’acides nucléiques (TapeStation et Bioanalyser d’Agilent et Nanoquant de Tecan),
  • de 2 thermocycleurs en temps réel (LC480 de Roche et Biomark de Fluidigm),
  • de nombreux blocs pour PCR (minicycler, bloc 96 puits),
  • de cuves de migrations.

Date de mise à jour : 16 novembre 2017

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