J’ai effectué une thèse CIFRE entre Biogemma (Limagrain) et l’INRA puis dans le prolongement direct un post doc / CDD chez Biogemma. Mes travaux se plaçaient dans le contexte global de réduction des intrants agricoles et plus particulièrement dans celui de la création variétale en vue d’améliorer l’efficience d’utilisation de l’azote. Il y avait deux enjeux : (i) apporter des outils nécessaires à la création de variétés répondant à cette exigence, et (ii) développer des outils/méthodes de génétique quantitative transférable à d’autres thématiques et espèces. Pour ce faire, nous avons analysé 225 variétés commerciales génotypées avec 24K SNP et testées dans huit combinaisons d’année, lieu et régime azoté.

Nous avons montré que même si la sélection a amélioré l’efficience d’utilisation de l’azote en condition optimale et sub-optimale, ce progrès génétique doit être accéléré et mieux réparti entre les différents traits. Nous proposons pour cela de mixer sélection phénotypique et sélection assistée par marqueurs. Dans ce sens, sur la base de résultats de GWAS, nous avons développé et testé par simulation une méthode permettant de définir les régions chromosomiques associées à nos 28 traits. Parmi les régions identifiées, nous avons notamment localisé le gène NAM-A1 et avons pu être les premiers à caractériser ses variants naturels. Cette méthode fut aussi le point de départ d’une approche plus globale de détection d’haplotypes favorables.

Je vous parlerais aussi plus rapidement de nos travaux visant à combiner les approches de GS et GWAS, et de ceux sur les réseaux d’interactions épistatiques.

Contact : fabien.cormier@cirad.fr