Présentation par Alexandra Louis (IBENS Paris), Stéphanie Bocs (Cirad, UMR Agap Institut) et Mathieu Rouard (Bioversity International - CIAT) jeudi 14 octobre 2021 en Visio-conférence (Webinaire)

Genomicus visualisation linéaire et évolutive des contextes génomiques, par Alexandra Louis (IBENS Paris). C'est un outil web qui permet aux utilisateurs de naviguer dans les génomes en plusieurs dimensions : linéairement le long des axes chromosomiques, transversalement à travers la comparaison de génomes de plusieurs espèces, et chronologiquement selon l'évolution.

Initialement développé pour l'exploitation des génomes de vertébrés (http://ww.genomicus.biologie.ens.fr/genomicus), cet outil est maintenant déployé pour les génomes de plantes disponibles dans EnsemblGenome (http://genomicus.biologie.ens.fr/genomicus-plants), et a été intégré sur la plateforme de bioinformatique South Green pour des données gérées par celle-ci. 

Une deuxième partie de l'exposé, présentée par Stéphanie Bocs, sera centrée sur un projet de génomique comparée de South Green, en particulier le déploiement d'une instance Genomicus au Cirad pour l'analyse phylogénomique de plantes (e.g. monocotylédones, Biomasse pour le futur).

Dans une troisième partie, Mathieu Rouard a présenté les avancées de South Green en matière de systèmes de (pan)génomique comparative, avec l’exemple de GreenPhyl v5.