Outils numériques
Base de données, logiciels et systèmes d'information
Date de mise à jour : 22 mai 2019
Logiciels et plateformes d’analyse
South Green
Plateforme autour de l’intégration des données génomiques et des analyses bio-informatiques
Open Alea
DarWin (Dissimilarity Analysis and Representation for Windows)
Analyses de diversité et phylogénétiques à partir de distances évolutives
Base de données et systèmes d’information
Genome hub
Portail Web intégrant différents types de données autour de l'annotation génomique de génomes de référence de différentes plantes, comme la banane, le riz ou le cacao (dans le cadre de la plateforme South Green)
TropGene DB
Base de données génomiques, génétiques et phénotypiques de plantes tropicales (dans le cadre de la plateforme SouthGreen)
Modèles de croissance
Ecomeristem
Modèle écophysiologique appliqué aux céréales (riz, sorgho) simulant la croissance et la production de la plante en peuplement, décrite à l'échelle de l'organe, et de sa plasticité phénotypique en réponse à son statut hydrique et carboné résultant des interactions génotype X environnement.
Samara
Modèle agronomique appliqué aux céréales (riz, sorgho), inspiré du modèle Ecomeristem, offrant une description moins fine de la topologie de la plante mais avec une prise en compte plus précise des pratiques culturales notamment au niveau de la gestion de l'eau et du bilan hydrique dans un contexte de riziculture irriguée.
X-Palm
Modèle écophysiologique simulant la croissance et la production du palmier à huile décrit à l'échelle de l'organe au sein de la plantation et sa plasticité phénotypique en réponse à l'état carboné et hydrique de la plante résultant des interactions génotype X environnement.
RIDEV
MappleT
Modèle de simulation de l'architecture du pommier de la plantation à l'âge adulte associant une modélisation par processus markoviens et un modèle biomécanique de flexion des branches.
vMango
Modèle structure-fonction de manguier prenant en compte des facteurs architecturaux et environnementaux (température, lumière, pluviométrie) pour l’étude de l’élaboration du rendement et de la qualité de la mangue.Modèle manguier.
Date de mise à jour : 22 mai 2019