Le module BigOmics a connu une évolution particulière grâce aux leçons apprises avec CultiVar. Il est inscrit dans le cursus du Master Agrosciences de l’Université de Montpellier et sera dispensé pour la quatrième fois à la rentrée 2024 auprès des étudiants des quatre parcours du M2 (entre 30 et 40 étudiants par an). Il comporte une partie de cours donnés par des spécialistes de certaines plantes ou des spécialistes de certaines méthodologies, et une partie de travaux dirigés et tutorés prenant la forme de mini-projets de recherche sur la diversité génomique adaptative du riz. Les cours sont assurés par des chercheurs montpelliérains de réputation mondiale et les sujets de recherche sur le riz sont issus de travaux de thèse soutenues à Montpellier par des étudiants portugais (JDA SANTOS, 2019), sénégalais (A BEYE 2023) et vietnamien (HV NGUYEN 2023). Les mini-projets de recherche ainsi proposés aux étudiants sont à la pointe des recherches actuelles et totalement pionniers.

Le cadre d’évolution du module est complété par différents projets qui tous contribuent à la poursuite des travaux de recherche et à la dissémination des compétences. Le projet AdaptGrass (2019-2023) a été financé par l’I-site MUSE et inclus une bourse pour une thèse en co-tutelles entre l’UM et l’UCAD ainsi qu’un atelier de formation au Sénégal. Le thème de recherche était celui des introgressions adaptatives chez le riz, en particulier pour ses adaptations aux régimes hydriques extrêmes, et chez le sorgho, en particulier pour les flux de gènes impliquant le type Guinea margaritiferum. Le projet DivBreed (2020-2023) a été cofinancé par le Labex Agro et par le SEARCA. Il couvrait une thèse sur la diversité des riz élites de l’IRRI, en cotutelle entre l’UM et l’UPLB aux Philippines. Le projet DiVaGénomes (2022-2024) a été financé par l’AUF pour aider à tenir un atelier ambitieux au Sénégal et organiser ensuite un atelier à Antananarivo à Madagascar dans le cadre d’une collaboration triangulaire. Le projet BioPolis financé par l’UE soutient la tenue d’un atelier de formation à Montpellier destiné à un public d’étudiants identifiés par le CIBIO à Porto et l’UM à Montpellier. A cela s’ajoute l’apport significatif du Cirad et de INRAe et une bourse de mobilité financée par Agropolis Fondation pour un séjour de Issa DIEDHIOU (UCAD) à Montpellier en 2024. L’ensemble de ces projets soutient de façon cohérente la mise en oeuvre du triangle Recherche -- Enseignement Supérieur -- Partenariat International sur le domaine stratégique qu’est la mobilisation de la diversité génomique pour l’adaptation des plantes cultivées.

L’atelier de Dakar s’est tenu du 8 au 12 mai 2023 à l’UCAD sous l’orchestration des enseignants du département de biologie végétale.

La participation a été de 54 personnes sur place :

• 40 étudiants issus de deux cursus de l’UCAD, le Master de Bioinformatique en première année (6 étudiants) et le Master BioVeM en 2^ème année (22 étudiants), ou actuellement en stage de recherche au CERAAS/ISRA à Thiès (12 étudiants)

• 10 enseignants ou chercheurs destinés à poursuivre la formation au Sénégal (7), au Niger (1) et à Madagascar (2)

• 4 formateurs sur place venus de France, du Cirad (3) et d’ INRAe (1)

L’ensemble du collectif a été reçu par le Professeur Bassirou LO, Doyen de la Faculté des Sciences et Techniques, et son équipe, en présence de Ibra TOURE, directeur régional du Cirad et représentant de INRAe à Dakar.

L’atelier de Antananarivo s’est tenu du 11 au 16 avril 2024 sur le site de l’Université dans les installations du Campus Numérique de l’AUF.

Il a réuni 37 apprenants, dont :

• 22 étudiants en Master 2, dont 18 du Master PHYTECH et 4 du Master SYGEDUR,

• 6 doctorants et 5 chercheurs, ainsi que

• 6 tuteurs en formation, dont 3 de l’université et 3 du FOFIFA.

En complément des formateurs locaux, quatre formateurs étaient venus de France et un du Sénégal.

Le collectif a été accueilli en ouverture par Pr Lala Harivelo RAVAOMANARIVO, Vice-Présidente de l'Université d'Antananarivo, et Pr Aimé Lala RAZAFINJARA, Directeur Général du FOFIFA. La séance de clôture a vu l’intervention de Dr Jean-Marc BOUVET, directeur régional du Cirad et la réalisation de divers interviews (https://www.cirad.fr/dans-le-monde/nos-directions-regionales/afrique-australe-et-madagascar/actualites-afrique-australe-et-madagascar/formation-bigomics-a-madagascar).

L’internationalisation du module a été renforcée par la tenue d’un autre atelier international de BigOmics, à Montpellier cette fois, co-organisé par le CIBIO et l’Université de Montpellier dans le cadre du projet européen BIOPOLIS, et qui s’est tenu au Cirad du 4 au 8 mars 2024. Il a réuni 15 étudiants d’origines institutionnelles diverses et issus de sept pays différents. Il a été ouvert par Claire BILLOT, Cirad, directrice d’AGAP Institut, et Paula Dias, CNRS, coordinatrice du projet BIOPOLIS à Montpellier. Tenu en anglais, il a été l’occasion de développer des supports pédagogiques complémentaires.

Les responsables pédagogiques mobilisés tour à tour au fil des ateliers étaient Claire BILLOT (Cirad), Issa DIEDHIOU (UCAD), Diaga DIOUF (UCAD), Jean Christophe GLASZMANN (Cirad), Khalil KANE (ISRA-CERAAS), Lucie LEMAGNEN (Cirad), Jean Michel LEONG POCK TSY (FoFiFa) Tendro RADANIELINA (Univ Antananarivo), Gautier SARAH (INRAE), Guilhem SEMPERE (Cirad) et Stéphanie SIDIBE BOCS (Cirad).

Outre ces chercheurs et enseignants, huit formateurs sont intervenus, parfois à distance de Montpellier, comme Olivier GARSMEUR, Simon RIO, Franc-Christophe BAURENS, Aude GILABERT, Jean-François DUFAYARD du Cirad ; Alexis DEREEPER de l’IRD ; Franck CURK et Concetta BURGARELLA de INRAe), ou de Guadeloupe, comme Guillaume MARTIN, Cirad.

Le groupe d’encadrement a également mobilisé cinq tuteurs à distance pour accompagner le travail des étudiants : Nour AHMADI, Laetizia CAMUS-KULANDAIVELU, Julien FROUIN, Andrea-Maria GUYOT, Jovanie MENDY.