Établissement recruteur : L’Unité Mixte de Recherche AGAP Institut (Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et tropicales) mène des recherches en biologie des plantes et en génétique végétale, générant des connaissances pour répondre aux défis sociétaux majeurs de l'agriculture tant dans les régions du Sud que du Nord. Au sein de cette unité, l’équipe DEFI (Déterminisme, Expression et Fonctionnement de l’Igname) se concentre principalement sur l’igname Dioscorea alata, cherchant à identifier les déterminants physiologiques et génétiques de la qualité et de l’adaptation aux systèmes de culture à faibles intrants.

Contexte : La qualité du tubercule dépend de divers caractères morpho-agronomiques et de plusieurs caractéristiques physico-chimiques, qui influent sur ses propriétés organoleptiques. Notre équipe se concentre sur l’étude de l’architecture génétique des traits liés à qualité en utilisant des approches QTL et GWAS (Genome-wide association study). Nous cherchons à identifier les régions du génome et des marqueurs moléculaires associés à la qualité (Ehounou et al., 2022 ; Arnau et al., 2023 ; Dossa et al., 2023).  De plus, nous contribuons activement au développement de méthodes de criblage à haut débit visant à accélérer significativement les progrès des programmes d'amélioration. Dans cette optique, nous avons développé la Spectroscopie Infrarouge (NIRS), une méthode permettant de prédire avec précision certaines caractéristiques chimiques telles que la teneur en amidon et l'amylose.

Objectif du projet :  L'objectif principal de ce stage est de mettre en place une approche QTL sur deux populations biparentales afin d'identifier les régions génomiques et des marqueurs moléculaires liés à la teneur en amylose et à la pilabilité. Les données phénotypiques nécessaires pour cette étude ont déjà été générées par notre équipe à l’aide de la NIRS. Le stagiaire aura pour mission d'utiliser les logiciels R et MapQTL pour rechercher des locus associés à ces deux traits. Parallèlement, il devra également identifier des gènes candidats au sein des intervalles de confiance des QTL mis en évidence, en se basant sur les génomes de référence publiés et accessibles via les portails en génomique comparative Phytozome v13 et NCBI.

Compétences souhaitées : L’étudiant.e possède des bases en biologie moléculaire et des notions en génétique.

Pour postuler, merci d’envoyer votre CV et votre lettre de motivation à Gemma Arnau (gemma.arnau@cirad.fr). Début : entre début janvier et mi-février 2024

Références citées

 Ehounou AE, Cormier F, Maledon E, Nudol E, Vignes H, Gravillon MC, N'guetta ASP, Mournet P, Chaïr H, Kouakou AM, Arnau G. Identification and validation of QTLs for tuber quality related traits in greater yam (Dioscorea alata L.). Sci Rep. 2022 May 19;12(1):8423.  https://doi.org/10.1038/s41598-022-12135-2.

Arnau, G., Desfontaines, L., Ehounou, A.E., Marie-Magdeleine, C., Kouakou, A.M., Leinster, J., Nudol, E., Maledon, E. and Chair, H. (2023), Quantitative trait loci and candidate genes for physico-chemical traits related to tuber quality in greater yam (Dioscorea alata L.). J Sci Food Agric. https://doi.org/10.1002/jsfa.12822

Dossa, K., Morel, A., Houngbo, M.E., Mota, A.Z., Malédon, E., Irep, J.-L., Diman, J.-L., Mournet, P., Causse, S., Van, K.N., Cornet, D. and Chair, H. (2023), Genome-wide association studies reveal novel loci controlling tuber flesh color and oxidative browning in Dioscorea alata. J Sci Food Agric. https://doi.org/10.1002/jsfa.12721