Une étape clé de l’analyse de ces réseaux passe par la visualisation et nécessite d’avoir accès à des outils adaptés, permettant non seulement de visualiser les réseaux en question, mais également de les analyser de différentes manières.

Les outils disponibles actuellement ne répondent pas à tous les besoins formulés par la communauté impliquée au sein de l’UMR Agap Institut.

Objectif du Stage

Développement et amélioration d’une interface R Shiny pour visualiser des réseaux biologiques (gènes, métabolites...). La visualisation devra être dynamique pour répondre à certains critères (modification du seuil de corrélation, sélection d’un réseau autour d’un gène d’intérêt, annotation ontologique...).

Pour atteindre cet objectif, le candidat aura les missions suivantes :

• Identifier le/les modules existants répondant à nos critères de visualisation.
• Développer l’interface
• Compléter l’interface avec différentes fonctionnalités : enrichissement ontologique, recherche d’informations sur les gènes et orthologues, ...
• Tester et valider l’outil en collaboration avec les biologistes
• Rédiger une documentation
• Mise en ligne de l’outil
• [Optionnel] Intégration de l’interface à d’autres outils existants (DIANE)
• [Optionnel] Ajout de fonctionnalités avancées R Shiny et/ou JavaScript

Profil recherché 

Avoir suivi ou suivre une formation en informatique / bioinformatique / sciences des données / Biologie, et vous avez les compétences et qualités recherchées :

• Programmation R (Eventuellement R Shiny)
• Environnement UNIX/Linux
• Outils de versioning, travail collaboratif Git / Github
• Intérêt pour la génomique des plantes.
• Connaissance de base en Javascript