Du fait de leur multiallélisme et de leur diversité élevée nous utilisons des marqueurs de séquences répétées SSR en amplification monolocus. Plusieurs centaines de ces marqueurs ont été développées au laboratoire et ont été utilisées pour étudier la diversité génétique de plusieurs espèces de notre collection  les limes et citrons (Curk et al. 2016), les bigaradiers (Ferrer et al. 2021) et les mandarines (Luro et al. 2023).

Les marqueurs SSR sont utilisés en routine pour assurer la traçabilité des accessions de la collection tant au cours de l’introduction qu’au cours des phases de multiplication par greffage ou par semis de graines polyembryonnées (Luro et al. 2017). Les profils alléliques de ces marqueurs peuvent être comparés entre deux collections pour peu que la méthode de leur utilisation soit la même et ainsi une base de données internationale peut être envisagée. Ces marqueur SSR ainsi que les SNP ont permis d’identifier la phylogénie soit l’origine génétique d’agrumes comme Pompia (Luro et al. 2019), Ichang lemon (Demarcq et al. 2021) ou Citrus halimii (Luro et al. 2022) ainsi que le positionnement taxonomique de variétés asiatiques (Goh et al. 2022). Ils ne peuvent cependant pas identifier les variétés sélectionnées à partir de mutants clonaux comme les orangers, clémentiniers ou pomelos (Ferre et al. 2023). 

Une étude a été engagée depuis 2020 afin d’étudier le polymorphisme de position des éléments transposables qui représentent près de 50% du génome des agrumes et sont très mobiles. L’objectif étant à partir de ces séquences d’ADN mobile de développer des marqueurs d’identification des variétés des groupes horticoles à multiplication végétative.   

Références

Curk Franck, Frédérique Ollitrault, Andres Garcia-Lor, François Luro, Luis Navarro and Patrick Ollitrault (2016) Phylogenetic origin of limes and lemons revealed by cytoplasmic and nuclear markers Annals of Botany Doi:10.1093/aob/mcw005

Demarcq B., M. Cavailles, L. Lambert, C. Schippa, P. Ollitrault and F. Luro (2021). Characterization of Odor-Active Compounds of Ichang Lemon (Citrus wilsonii Tan.) and Identification of Its Genetic Interspecific Origin by DNA Genotyping. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 69, 10, 3175-3188. Publication Date (Web): March 5, https://doi.org/10.1021/acs.jafc.0c07894

Ferrer, V.; Costantino, G.; Paoli, M.; Paymal, N.; Quinton, C.; Ollitrault, P.; Tomi, F.; Luro, F. 2021. Intercultivar Diversity of Sour Orange (Citrus aurantium L.) Based on Genetic Markers, Phenotypic Characteristics, Aromatic Compounds and Sensorial Analysis. Agronomy, 11 (6), https://doi.org/10.3390/agronomy11061084 hal-03281358

Ferrer, V.; Paymal, N.;Costantino, G.; Paoli, M.; Quinton, C.; Tomi, F.; Luro, F. (2023) Correspondence between the Compositional and Aromatic Diversity of Leaf and Fruit essential Oils and the Pomological Diversity of 43 Sweet Oranges (Citrus x aurantium var sinensis L.). Plants, 12, 990. https://doi.org/10.3390/plants12050990

Goh R.M.V.; Pua A.; Luro F.; Huey Ee K.; Huang Y.; Marchi E.; Liu S.-O.; Lassabliere B.& Yu B. 2022. Distinguishing citrus varieties based on genetic and compositional analyses. PLoS ONE 17(4): e0267007. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0267007 hal-03648021

Luro, F., Viglietti, G., Marchi, E., Costantino, G., Scarpa, M.G., Tomi, F., Paoli, M., Curk F., and Ollitrault P., (2019). Genetic, morphological and chemical investigations reveal the genetic origin of Pompia (C. medica tuberosa Risso & Poiteau) – an old endemic Sardinian citrus fruit. Phytochemistry. https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2019.112083

Luro F., Baccati C., Paoli M., Marchi E., Costantino G., Gibernau M., Ollitrault P., Tomi F. (2022) Phylogenetic and taxonomic status of Citrus halimii B.C. Stone determined by genotyping complemented by chemical analysis of leaf and fruit rind essential oils, Scientia Horticulturae 299, https://doi.org/10.1016/j.scienta.2022.111018

Luro F., Paoli M., Marchi E., Costantino G. and Tomi F. (2023) Investigation of Diversity by Analyzing the Polymorphism of SSR Markers and the Composition of Leaf and Fruit Essential Oils of 72 Mandarins (Citrus reticulata Blanco) Horticulturae 2023, 9(5), 577; https://doi.org/10.3390/horticulturae9050577