Structure et dynamique des génomes
Objectifs
Date de mise à jour : 14 avril 2021
- Comprendre la structure et l’évolution des génomes à différentes échelles (lien pôle 1).
- Généraliser les approches de pangénomique à d’autres espèces de l’Unité, en lien avec les programmes de sélection et les gènes/traits travaillés (liens pôle 3 et pôle 4).
- Analyser l’impact de l’architecture des génomes sur les recombinaisons et ségrégations chromosomiques jusqu’à l’implication sur le phénome (lien génotype-phénotype basé sur les haplotypes ancestraux et diversité fonctionnelle des haplotypes ancestraux de gènes candidats) : liens pôle 3 (régulation du génome et différenciation en fonction de l’haplotype) et pôle 4 (association et QTL)).
- S’appuyer sur les connaissances sur la structure des génomes pour orienter les schémas de création variétale par reconstruction (lien avec pôle 4) : développer des stratégies de création variétale par reconstruction de grands idéotypes portés par des structures génomiques complexes.
- Adapter les approches de génétique quantitative de type GWAS, QTL aux plantes polyploïdes, interspécifiques, et à multiplication végétative (lien pôle 4) pour identifier les déterminants génétiques des caractères ciblés.
- Explorer les relations entre variations clonales, épigénétique (TE) et traits associés dans la dynamique des plantes à multiplication végétative (lien pôles 3 (epigénétique dans l’adaptation) et pôle 4, en particulier sur la vigne).
- Développer de nouvelles approches informatiques (visualisation, génomique, pangénomique) et bioinformatiques de gestion des données hétérogènes / big data (lien pôles 1, 3 (modélisation, données phénotypiques) et pôle 4).
Date de mise à jour : 14 avril 2021