Exposés scientifiques

Décryptage du génome de la toute première plante (45 min)

Jerome Salse

UMR 1095 Genetics, Diversity and Ecophysiology of Cereals (GDEC)
Paleogenomics & Evolution Research Group (PaleoEvo)
5 Chemin de Beaulieu
63100 Clermont-Ferrand

La comparaison de plus de 35 génomes de plantes a permis la reconstruction du génome ancestral de la première plante à fleurs, constitué de 15 chromosomes porteurs de plus de 20000 gènes et datant de 214 millions d’années, une origine plus ancienne que celle supposée par les plus vieux fossiles de plantes connus à ce jour. L’apparition de copies surnuméraires de gènes ancestraux ainsi que la réorganisation des chromosomes ancestraux, au cours de l’évolution, a induit une plasticité génomique à l’origine de nouvelles espèces végétales ainsi qu’à leur adaptation à l’environnement changeant. Ces travaux visent in fine à  améliorer, chez des espèces aux génomes complexes, des caractéristiques agronomiques telles que le rendement, la qualité ou la tolérance aux stress par une approche de recherche translationnelle.

>> Communiqué de presse

L'amélioration des ressources génomiques et quelques indices sur l’évolution de génome chez le cocotier en utilisant la génomique comparative (20 min)

Alix Armero Villanueva

UMR Agap, équipe DDSE
Avenue Agropolis
34398 Montpellier Cedex 5

Le cocotier était la première culture oléagineuse jusqu’à l’avènement du palmier à huile. Bien que l’huile de coprah soit en déclin, des produits alternatifs (huile vierge, eau de coco, lait de coco etc.) favorisent un regain d’intérêt. Cependant une relance de la culture nécessite une amélioration génétique pour les caractères d’adaptation, de qualité et de rendement. Compte tenu des difficultés de l’amélioration de cette plante pérenne et à long cycle de vie, la sélection devrait bénéficier d’une meilleure connaissance du génome (marqueurs de QTLs, gènes candidats, synténie etc.) Cette présentation montre comment la génomique comparative entre le cocotier et d’autres espèces de palmiers peut faciliter la reconstruction des pseudo-chromosomes du cocotier et la compréhension de l’évolution du génome des palmiers. L’orthologie entre les  protéines du cocotier et du palmier à huile a conduit à l'identification des 14 blocs de synténie, dont chaque espèce possède deux exemplaires à la suite d’une duplication du génome commune aux palmiers. Chez l’ancêtre des palmiers, ces blocs auraient été arrangés en 9 blocs antérieurs à cette duplication. Ces analyses ouvrent la porte à la recherche sur l'innovation fonctionnelle dans le cocotier.

Table ronde

Outils et approches de génomique comparée évolutive

de 13h30 à 15h00, salle 159 Bât 3
 Cirad, avenue Agropolis (Lavalette)
 34398 Montpellier Cedex 5

Cette table ronde permettra d’échanger entre les différents collectifs concernés de Clermont et de Montpellier sur les évolutions des approches, des méthodes, des outils de génomique comparée évolutive, et d’identifier des domaines de collaboration possibles, en particulier sur les monocots, dont bien sûr  les palmiers dans le cadre de la thèse d’Alix Armero. La participation de toute personne intéressée de ces collectifs sera la bienvenue.

Contacts : Stéphanie Sidibe-Bocs et Dominique This