Logiciels et plateformes d’analyse

South Green

Plateforme autour de l’intégration des données génomiques et des analyses bio-informatiques

Open Alea

Plateforme logicielle autour de la représentation, l’analyse et la modélisation du fonctionnement et de la croissance de l'architecture des plantes

DarWin (Dissimilarity Analysis and Representation for Windows)

Analyses de diversité et phylogénétiques à partir de distances évolutives

Base de données et systèmes d’information

Genome hub

Portail Web intégrant différents types de données autour de l'annotation génomique de génomes de référence de différentes plantes, comme la banane, le riz ou le cacao (dans le cadre de la plateforme South Green)

TropGene DB

Base de données génomiques, génétiques et phénotypiques de plantes tropicales (dans le cadre de la plateforme SouthGreen)

Modèles de croissance

Ecomeristem

Modèle écophysiologique appliqué aux céréales (riz, sorgho) simulant la croissance et la production de la plante en peuplement, décrite à l'échelle de l'organe, et de sa plasticité phénotypique en réponse à son statut hydrique et carboné résultant des interactions génotype X environnement.

Samara

Modèle agronomique appliqué aux céréales (riz, sorgho), inspiré du modèle Ecomeristem, offrant une description moins fine de la topologie de la plante mais avec une prise en compte plus précise des pratiques culturales notamment au niveau de la gestion de l'eau et du bilan hydrique dans un contexte de riziculture irriguée.

X-Palm

Modèle écophysiologique simulant la croissance et la production du palmier à huile décrit à l'échelle de l'organe au sein de la plantation et sa plasticité phénotypique en réponse à l'état carboné et hydrique de la plante résultant des interactions génotype X environnement.

RIDEV

Modèle de phénologie rendement des céréales (riz, sorgho) et de sa plasticité en réponse à la photopériode et aux conditions thermiques potentiellement extrêmes.

MappleT

Modèle de simulation de l'architecture du pommier de la plantation à l'âge adulte associant une modélisation par processus markoviens et un modèle biomécanique de flexion des branches.

vMango

Modèle structure-fonction de manguier prenant en compte des facteurs architecturaux et environnementaux (température, lumière, pluviométrie) pour l’étude de l’élaboration du rendement et de la qualité de la mangue.Modèle manguier.