Les collections sont constituées de différentes catégories de ressources génétiques : collections nationales et ressources patrimoniales françaises, matériels originaux, espèces apparentées aux espèces travaillées d’origine cultivée ou sauvage, ressources à caractère scientifique comme des lignées d’insertion de riz par exemple. Les CRB ont pour objectifs d'enrichir les collections par de nouvelles accessions, puis de les conserver dans des conditions optimales et enfin de les mettre à disposition des parties intéressées.

Le périmètre d’Agap comprend trois CRB : GAMéT à Montpellier, CRB-Plantes tropicales aux Antilles et CRB Plantes pérennes en Guyane. Deux autres CRB lui sont associés : CRB-Vigne près de Montpellier et CRB-Citrus en Corse.

A travers le projet ARCAD, l'unité Agap est également le maître d’œuvre du portail Florilège. Celui-ci propose un point focal d'entrée vers les ressources biologiques des plantes pour l'agriculture conservées en France (métropolitaine et outre-mer). Dans sa configuration actuelle, il représente le réseau des Centres de Ressources Biologiques (CRB) végétales gérés par l'Inrae, le Cirad et l'IRD. Ce réseau constitue le pilier « Plantes cultivées et modèles » de l’infrastructure nationale AgroBRC-RARe qui rassemble cinq réseaux de Centres de Ressources Biologiques : plantes cultivées et modèles, animaux domestiques et sauvages apparentés, micro-organismes importants pour l’agronomie en terme de science des aliments et d’environnement et les forêts.