Les Jeudis de l'UMR AGAP : Sélection génomique sur une population synthétique de riz pluvial développée par la sélection récurrente
12 février 2015
Montpellier, Cirad Lavalette, Amphithéatre Alliot, de 10h à 12H
Deux présentations :
1/ Sélection génomique dans le contexte de sélection récurrente
L’amélioration variétale du riz pluvial au CIAT (Colombie) se base sur la sélection récurrente en vue d’augmenter la valeur moyenne de quelques caractères d’intérêt au sein d’une population synthétique à base génétique large. Le concept de sélection génomique est apparu comme une option attractive pour accélérer le gain génétique. Les premiers résultats de génotypage et phénotypage de 343 S2:4 lignées ont permis d’évaluer l’intérêt de la sélection génomique dans une expérience de validation croisée dont le principe consiste à construire le modèle sur une première partie de la population, la population de calibration (PC) et à le valider sur l’autre partie, la population de validation (PV). La précision de la prédiction a été mesurée par la corrélation moyenne (obtenue sur 100 tests) entre la valeur prédite et la valeur observée des lignées de la fraction PV. Nous avons évalué les effets potentiels de plusieurs facteurs sur la précision : la taille de la population de calibration (définie par le ratio entre PV et PC), la structure génétique, l’approche statistique (fréquentiste et bayésienne), le déséquilibre de liaison, la fréquence de l’allèle mineur aux marqueurs. Quatre caractères ont été considérés. Les résultats seront présentés et discutés.
2/ Sélection précoce – Utilisation de marqueurs denses pour accélérer le processus
Il existe un prédicteur précoce de la valeur moyenne des lignées dérivables par autofécondation d’une plante à une génération donnée : c’est la valeur en lignée (VL), définie par la quantité 2*V(Sn)-V(Sn-1), avec V(Sn) = valeur en autofécondation à la génération n (n≥2). Dans le cadre d’un modèle génétique linéaire classique, VL n’est pas biaisée par la dominance et tient compte des interactions épistatiques. En sélection phénotypique, le prédicteur le plus précoce, VL=2*S2–S1, nécessite deux générations d’évaluation. Si VL est utilisée comme phénotype dans un modèle de prédiction génomique, alors la sélection peut être appliquée à des plantes individuelles (S0) dès que l’information génétique est disponible, réduisant significativement la durée du cycle de sélection.