Le développement de méthodes de sélection précoce et en particulier de sélection assistée par marqueurs (SAM) sont des enjeux forts pour optimiser l’amélioration des agrumes, compte tenu de la longueur de la phase juvénile (entre 4 à 6 ans) et de l’encombrement important des descendances pour les évaluations en verger. Bien que relativement peu de gènes directement impliqués dans l’élaboration de traits d’intérêt aient été identifié, la SAM est aujourd’hui intégrée aux programmes d’innovation de l’équipe SEAPAG (cf Ollitrault, 2019 pour revue; Caruso et al, 2020).  La distinction des plants d’origine zygotiques (hybrides) des plants nucellaires (identique au plant mère) chez les variétés apomictiques facultatives a été possible dès la fin des années 1980 à l’aide de marqueurs izoenzymatiques et est aujourd’hui réalisée en routine avec des marqueurs SSRs ou SNPs avec la méthode Kaspar. En collaboration avec l’IVIA l’équipe a localisé le gène majeur de résistance (récessif) à Alternaria (locus ABSr ; Alternaria brown spot resistance) près de la région centromérique du chromosome III du clémentinier (Cuenca et al., 2016). Des marqueurs SSR et SNP flanquant de chaque côté le locus ABSr ont été développés et permettent désormais une sélection routinière très efficace. Des marqueurs du gène Ruby, responsable de l’accumulation d’anthocyane chez les oranges sanguines ont également été développés et sont utilisés pour introgresser ce caractère chez les mandariniers. Pour les porte-greffes l’immunité au virus de la Tristeza, apporté par l’espèce Poncirus trifoliata, est également efficacement sélectionnée grâce à des marqueurs SSRs flanquant un linkat de gènes de résistance. Les développements récents de la génomique sur les agrumes permettent d’envisager à terme des approches de sélection génomique.

Références citées

Caruso, M., Smith, M. W., Froelicher, Y., Russo, G., & Gmitter Jr, F. G. (2020). Traditional breeding. In The Genus Citrus (pp. 129-148). Woodhead Publishing.

Cuenca J., Aleza P., Garcia-Lor A., Ollitrault P., Navarro L. 2016. Fine mapping for identification of citrus alternaria brown spot candidate resistance genes and development of new SNP markers for marker-assisted selection. Frontiers in Plant Science, 7 (1948), 13p.

Ollitrault P.. 2019. Mapping and exploiting the citrus genome. In : Yahia Elhadi M. (ed.). Achieving sustainable cultivation of tropical fruits. Cambridge : Burleigh Dodds Science Publishing, p. 3-42.