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Génomique et amélioration des plantes

Le Ceraas, en partenariat avec le Cirad, le WAAPP, le CRP Dryland Cereals, l’Icrisat, l’IRD et le LAPSE, organise la 3e formation régionale sur la génomique et l’amélioration des plantes.

Cette formation se tiendra du 24 Novembre au 5 Décembre 2014 à Thiès, au Sénégal. Elle a pour but d’offrir aux programmes de sélection en Afrique de l’Ouest une meilleure compréhension de l’utilisation des outils récents issus de la génomique et de la gestion des données. La formation sera dispensée en Français. Elle est principalement destinée aux sélectionneurs impliqués dans l’amélioration des céréales sèches ou aux jeunes chercheurs travaillant dans les domaines de la génétique moléculaire appliquée l’amélioration variétale.

Le programme de cette année vise à apporter un éclairage particulier sur la conduite d’expérimentations de phénotypage à grande échelle et sur l’utilisation des nouvelles technologies de séquençage (NGS). Celui-ci se déroulera sur deux semaines et combinera d’une part des cours théoriques sur les concepts de base pour l’expérimentation à grande échelle, le génotypage et l’analyse génétique et d’autre part des sessions pratiques sur l’utilisation des outils de gestion des données développés par l’Integrated Breeding Platform (IBP), des outils de bioinformatique appliqués au génotypage et des logiciels d’analyse génétique. Les principaux thèmes abordés seront :

Phénotypage

  • Quels jeux de données pour l'analyse génétique ?
  • Conception de plans d'expérimentations de phénotypage à grande échelle.
  • Introduction à l'utilisation du Breeding Management System (BMS) de l'IBP.
  • Saisie électronique et contrôle qualité des données.

Génotypage

  • Les différents types de marqueurs moléculaires et les spécificités des nouvelles méthodes de séquençage.
  • Méthodes de génotypage par séquençage (GBS).

Bioinformatique

  • Analyse des données de séquence pour la production de données GBS.
  • Manipuler, filtrer et analyser les données GBS.

Analyse génétique

  • Diversité génétique.
  • Cartographie génétique.
  • Analyse QTL et études d'associations.
  • Les différents schémas de sélection assistée par marqueurs.

Pour participer à cette formation, nous vous invitons à soumettre votre candidature • en remplissant complètement le formulaire et le questionnaire disponibles à l’adresse : http://gohelle.cirad.fr/limesurvey/... • Et en envoyant votre CV, une lettre de motivation, et une lettre de recommandation aux trois personnes suivantes : Jean-François Rami (rami@cirad.fr), Daniel Fonceka (daniel.fonceka@cirad.fr) et Fred Rattunde (f.rattunde@icrisatml.org).

L’inscription est ouverte jusqu’au 8 Octobre 2014. Un comité de sélection évaluera les candidatures sur la base du profil et de l’impact attendu de la formation. Les candidats retenus seront informés de leur sélection avant le 15 Octobre. Leurs frais de déplacement, de logement et de nourriture seront couverts par la formation.

Publiée : 10/10/2014

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