Les recherches sur la thématique « Polymorphismes et déterminisme génétique des traits d'intérêt » visent à mieux comprendre les facteurs génétiques contrôlant la variation phénotypique des caractères d'intérêt pour chaque espèce et/ou filière, afin de mieux conduire les activités de sélection. Les traits cibles sont multiples : qualité des produits de la plante (graine, baie, bois, racine ou tubercule, huile, fourrage, etc.), potentiel de rendement et stabilité de la production, adaptation aux stress abiotiques ou biotiques (maladies et ravageurs actuels et en expansion dans le contexte du CC). Dans ce domaine, les nouvelles orientations de recherche sont de prendre en compte plus systématiquement les composantes épigénétiques et de structure des génomes de ces déterminismes génétiques (en lien avec le pôle 2 et le pôle 3, de mieux comprendre l’effet des interactions GxE, et de valider fonctionnellement l'effet des variants alléliques sur les phénotypes (en lien avec pôle 3).

Les recherches sur les méthodologies de sélection visent à accroitre l'efficacité et le gain génétique utile des programmes de sélection impliquant des chercheurs d'Agap Institut. Cela passe par le développement ou l’adaptation de nouvelles méthodologies de sélection telles que la sélection génomique et la sélection phénomique, ainsi que le développement de méthodes de génotypage et phénotypage à haut débit, L’intérêt de ces méthodes et approches étant maintenant établi, notre objectif est de promouvoir leur utilisation efficiente dans les programmes de sélection.

Les innovations variétales recherchées visent principalement à lutter contre les effets du changement climatique et accompagner la transition agro-écologique des agricultures tropicales et méditerranéennes. Ces programmes reposent fortement sur des réseaux de partenaires du Nord et du Sud qui permettent d’identifier les objectifs de sélection les plus pertinents et d’avoir un accès aux différents terrains. Notre objectif est de mieux intégrer les contributions de chacun des partenaires et de renforcer les approches de sélection participative multi-acteurs.