Profil et compétences recherchées

Le/la candidat(e) retenu(e) devra avoir un Master en génétique végétale ou en bioinformatique et avoir une solide expérience en analyse de grands jeux de données de séquençage, en génomique comparative et être familiarisé(e) avec l'environnement LINUX. Le/la candidat(e) doit avoir de bonnes capacités rédactionnelles et une bonne maîtrise de l'anglais parlé et écrit. La connaissance de l'un des langages de programmation suivants : Bash/Python/Perl ou R serait un atout.

Niveau de français requis: Intermédiaire supérieur: Vous pouvez utiliser la langue de manière efficace et vous exprimer précisément.
Niveau d'anglais requis: Intermédiaire supérieur: Vous pouvez utiliser la langue de manière efficace et vous exprimer précisément.

Résumé du projet de thèse

Face aux changements climatiques les nouveaux cépages de vigne devront faire preuve de plasticité dans l’expression de leurs phénotypes. Leur sélection requiert une meilleure connaissance des bases génétiques de ce caractère. Ce projet de thèse a pour objectif d’explorer les variations structurales des génomes chez la vigne en lien avec ses caractéristiques adaptatives. Dans un premier temps, la thèse vise à reconstruire un pangénome de Vitis vinifera, caractérisant les régions conservées, les parties plus variables et les gènes privés, les régions d’activité des éléments transposables et des variations dans les profils de méthylation sur quelques génomes « têtes de groupe ». Dans une deuxième partie, en élargissant la distribution des variants structuraux dans un panel de diversité, le doctorat fera le lien entre ces variations au niveau du génome et la variation de phénotypes ou de paramètres géoclimatiques renseignant la vulnérabilité ou la plasticité des cépages. L’objectif principal est de comprendre l’étendue et l’impact des variations structurales dans cette espèce pérenne à multiplication végétative. La prise en compte dans cette étude de Vitis vinifera subsp. sylvestris (sous-espèce « sauvage ») permettra d’analyser les effets de la domestication sur cette variation. Nous tenterons de comprendre s’il y a un lien entre ce type de variabilité et ses capacités d’adaptation et de plasticité. La thèse s’insère dans un domaine scientifique prometteur et en pleine expansion et portera ainsi sa contribution à l’acquisition de connaissances et la formulation d’hypothèses utiles pour l’adaptation des plantes pérennes, et de la vigne en particulier, aux changements climatiques.

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