Cet enjeu implique de concevoir des idéotypes variétaux multicritères. Au sein d'Agap, l'équipe PAM (Plasticité et Adaptation des Monocotylédones) développe des connaissances, des méthodes et des modèles mathématiques permettant d'appuyer l'analyse et la compréhension de la variabilité des phénotypes, le phénotypage et l'exploration d'idéotypes variétaux ou de combinaisons optimales génotype X pratiques culturales dans un environnement donné.
Au sein de PAM et d'Agap, vous développerez la thématique d'analyse d'images dédiée à la compréhension et au phénotypage du fonctionnement et de l'architecture des plantes. Vous mettrez au point des méthodologies d'analyse des phénotypes basées sur l'imagerie, ainsi que des pipelines permettant leur automatisation et leur portage à haut débit.
Vous interviendrez dans le cadre de projets impliquant l'utilisation de l'imagerie pour le phénotypage au champ ou en plateforme plus contrôlée, à des échelles d'investigation variables (peuplement, plante, organe, tissu…). Les analyses de données comprendront des étapes de traitements de type filtrage/segmentation jusqu'à celles de l'identification de patterns par des techniques d'apprentissage (machine/deep learning) ou de modélisation probabiliste.
Vous interagirez avec des collègues biologistes, au sein de l'équipe, de l'UMR et des instituts partenaires au sud comme au nord ainsi qu'avec les biostatisticiens et informaticiens d'Agap et des unités partenaires, notamment AMAP.
Vous contribuerez ainsi (à 20% de votre temps) à la mise en place d'un dispositif commun visant à mutualiser, intégrer, valoriser et orienter le développement de méthodes et modèles mathématiques et informatiques (MIA) dédiés à l'analyse du fonctionnement et de l'architecture des plantes dans des contextes agro-écologiques. Dans ce contexte, vous contribuerez à l'encadrement d'étudiants, de techniciens et de chercheurs à la fois MIA et en biologie.

Profil souhaité

• Doctorat ou diplôme d'ingénieur en analyse d'image et traitement du signal
• Première expérience d'au moins 3 ans avec une application souhaitable dans le domaine de l'imagerie en biologie (végétale), dans un contexte postdoctoral ou professionnel
• Expertise en développement logiciel et langages de programmation informatique (C++ / Java) et scientifiques (Python / R)
• Un intérêt prononcé pour les sciences biologiques, avec si possible des connaissances en écophysiologie et agronomie
• Capacités de travail dans un cadre interdisciplinaire, donc d'écoute, de communication et de partage
• Bonnes pratiques liées à l'analyse des données, au partage de script, à une recherche fiable en collaboration
• Goût pour le travail en équipe et en réseau partenarial, pour l'animation scientifique et la formation (étudiants, chercheurs, techniciens)
• Bonne maîtrise du français et bonne pratique de l'anglais lu, écrit et parlé
• Capacité avérée de rédaction et de publication scientifique