Ces recherches s'intègreront dans une dynamique transversale que l'UMR AGAP met en place sur l'analyse du génome et l'amélioration des plantes à génomes polyploïdes.

Vos activités porteront sur plusieurs aspects

• l'analyse de l'architecture, de la diversité et de la dynamique des génomes hautement polyploïdes et interspécifiques des cultivars de canne à sucre et des espèces à leur origine à partir de données de séquençage massif (WGS, GBS, …). Ces analyses nécessiteront le développement d'approches et d'outils bio-informatiques d'exploration de séquences génomiques, adaptées aux génomes polyploïdes et intégrant des considérations statistiques et probabilistes. Ils seront élaborés en interaction avec la plateforme de bioinformatique de l'UMR, selon les modalités en cours (mise à disposition de scripts, documentation, partages, formations, etc.).
• le décryptage des bases génétiques de caractères d'intérêt agronomique en particulier la résistance aux maladies (rouille orange, SCYLV, …) par diverses approches intégrant la génomique et la génétique (génétique d'association, QTL), dans des travaux motivés par des finalités d'amélioration des stratégies de sélection variétale et menés en interaction avec les généticiens de l'équipe et de eRcane à la Réunion

Vous devrez également

• valoriser les résultats sous différentes formes de communications, dont des publications dans des revues internationales
• participer au montage de projets nationaux ou internationaux 
• participer à l'encadrement de stagiaires ou doctorants 
• participer aux enseignements portés par l'unité 
• participer aux animations internes à l'unité et institutionnelles

Les activités de capitalisation transversales à l'unité représenteront 20 % du temps de travail

Profil souhaité

Le profil recherché correspond à un.e chercheur.e avec des compétences solides en génomique, génétique, bioinformatique et maitrisant les outils de biostatistique.
Vous devrez en outre avoir :

• une forte aptitude pour le travail en équipe
• de bonnes capacités rédactionnelles
• une très bonne maitrise de la langue française, ainsi qu'une bonne maîtrise de l'anglais
• une bonne aptitude pour monter des projets et des collaborations nationales ou internationales
• de bonnes capacités d'adaptation et être en capacité de travailler en expatriation 
• une bonne motivation pour la recherche en coopération pour le développement des pays du Sud
• une expérience des pratiques de gestion des données (Plan Gestion des Données, pratique de partage de scripts, travail collaboratif) sera appréciée
• une expérience d'enseignement sera appréciée