Jeudis d'Agap : Des systèmes de (pan)génomique comparative de plantes de l’IFB (Institut Français de Bioinformatique)
14 octobre 2021
Présentation par Alexandra Louis (IBENS Paris), Stéphanie Bocs (Cirad, UMR Agap Institut) et Mathieu Rouard (Bioversity International - CIAT) jeudi 14 octobre 2021 en Visio-conférence (Webinaire)
14:00-14h35 : Genomicus - visualisation linéaire et évolutive des contextes génomiques, par Alexandra Louis (IBENS Paris)
Genomicus est un outil web qui permet aux utilisateurs de naviguer dans les génomes en plusieurs dimensions : linéairement le long des axes chromosomiques, transversalement à travers la comparaison de génomes de plusieurs espèces, et chronologiquement selon l'évolution.
Initialement développé pour l'exploitation des génomes de vertébrés (http://ww.genomicus.biologie.ens.fr/genomicus), cet outil est maintenant déployé pour les génomes de plantes disponibles dans EnsemblGenome (http://genomicus.biologie.ens.fr/genomicus-plants), et a été intégré sur la plateforme de bioinformatique South Green pour des données gérées par celle-ci.
Nous proposons donc un tutoriel détaillé de cet outil et de ses différentes fonctionnalités.
14:35-14h55 : Une deuxième partie de l'exposé, présentée par Stéphanie Bocs, sera centrée sur un projet de génomique comparée de South Green, en particulier le déploiement d'une instance Genomicus au Cirad pour l'analyse phylogénomique de plantes (e.g. monocotylédones, Biomasse pour le futur).
14:55-15h15 : Dans une troisième partie, Mathieu Rouard nous présente les avancées de South Green en matière de systèmes de (pan)génomique comparative, avec l’exemple de GreenPhyl v5.
Le temps restant sera consacré aux questions et discussions.