Corynespora cassiicola est un champignon ascomycète responsable de pathologies chez un grand nombre de plantes cultivées. Chez l'hévéa en particulièr, il est responsable d'une maladie foliaire préoccupante, la CLF ("Corynespora Leaf Fall"), qui pénalise la production de latex en Asie et en Afrique, principales zones de production du caoutchouc naturel. Avec le soutien de l’Institut Français du Caoutchouc, nous développons un programme de recherche dont l’objectif est le développement de méthodes pour la sélection d’hévéa plus tolérants à ce pathogène. 
 
 La connaissance de la diversité du pathogène et de ses effecteurs est une étape préliminaire importante.
 Une approche biochimique nous a permis d’isoler, à partir d’une souche très agressive, une toxine nommée cassiicoline jouant un rôle important dans la symptomatologie chez l’hévéa.
 Une première typologie des souches a été proposée, basée d’une part sur le groupe phylogénétique et d’autre part sur la classe toxinique, définie d’après le polymorphisme de la cassiicoline. Cependant, cette toxine n’est pas le seul déterminant du pouvoir pathogène de l’espèce C. cassiicola puisque certaines souches agressives en sont dépourvues.
 Une approche génomique a dont été développée afin de caractériser de manière plus exhaustive les effecteurs de C. cassiicola impliqués dans l’interaction avec l’hévéa. Cette approche s’appuie sur le séquençage du génome de la souche de référence CCP par le DOE-JGI. La comparaison interspécifique de ce génome avec 44 autres génomes de champignons précédemment séquencés a permis d’identifier un panel d’effecteurs potentiels.  Une analyse factorielle a été menée pour relier ces effecteurs aux différents modes trophiques ou styles de vie des espèces concernées (pathogènes nécrotrophes, hemibiotrophes, saprotrophes, endophytes).
 Le re-séquençage complet de 37 souches de C. cassiicola représentatives de la diversité phylogénétique de l’espèce a été réalisé afin d’appréhender la diversité des effecteurs à l’échelle intra-spécifique.
 La validation fonctionnelle des principaux effecteurs candidats est en cours, par analyse transcriptomique ainsi que par transgénèse (recombinaison homologue).
 
 Nous avons par ailleurs développé  une méthode de phénotypage indirect basée sur la sensibilité des hévéas aux toxines sécrétées par les différentes souches de C. cassiicola (thèse de TRAN Dinh Minh, AGAP-GS). La validité de cette méthode ainsi que les premiers résultats d’identification de QTLs seront discutés.

Contact :

Valérie Pujade-Renaud, chercheure AGAP de l’équipe GS,

accueillie depuis 2008 dans l’UMR PIAF (Physique et Physiologie Intégrative de l’Arbre Forestier et Fruitier), à Clermont-Ferrand.
 
 

David Lopez, chercheur bioanalyste, en CDD dans l’UMR PIAF  dans le cadre du projet Corynespora, 

 en charge de l’analyse génomique et transcriptomique de Corynespora cassiicola.