Contexte

La rouille orangée de la canne à sucre, causée par Puccinia kuehnii, et la cercosporiose noire du bananier, causée par Pseudocercospora fijiensis sont des maladies fongiques émergentes dans de nombreux pays producteurs. Ces maladies peuvent être particulièrement dommageables, en causant des pertes de rendement pouvant atteindre respectivement 50 % et 100% sur les variétés les plus sensibles. Le seul moyen de lutte viable sur le plan économique et acceptable au niveau environnemental est le développement de la résistance génétique. Cependant, les bases de leurs déterminismes génétiques sont pour l’instant relativement méconnues. 

Etudes GWAS relatives à la résistance à la rouille orangée de la canne à sucre, causée par Puccinia kuehnii  

Depuis sa première observation à La Réunion en 2017, la rouille orangée (Puccinia kuehnii) s’est répandue sur toutes les zones de production de l’île, en touchant particulièrement les régions humides de l’Est. Afin d’acquérir des connaissances sur le déterminisme génétique de la résistance à la rouille orangée et de lutter efficacement contre cet agent pathogène, nous entreprenons, dans le cadre de ma thèse, une étude de génétique d’association (GWAS). Des populations de canne à sucre représentatives du matériel interspécifique contemporain (S. officinarum x S. spontaneum) ont été évaluées à La Réunion pour leur niveau de résistance à la rouille orangée. L’objectif de cette étude est de localiser des haplotypes d’intérêt, d’estimer leur effet et de déterminer leur origine spécifique, en prenant en compte le contexte polyploïde de la canne. Lors de cette animation, je présenterai les premiers résultats de mes analyses GWAS, ainsi que les perspectives d’analyses complémentaires à développer.

Phénotypages et analyse QTLs de la résistance à la cercosporiose noire du bananier causée par Pseudocercospora fijiensis

Arrivé en 2010 en Martinique et en 2012 en Guadeloupe, Pseudocercopora fijiensis remplace peu à peu P. musicola responsable de la cercosporiose jaune car plus virulent. L’utilisation de fongicides pour les combattre représentait 62% des traitements de la filière banane aux Antilles françaises en 2015. Le manque de connaissances sur l’interaction plante-pathogène peut s’expliquer par les difficultés rencontrées pour le phénotypage du fait de la taille de la plante et de la croissance relativement lente de la plante et du champignon. De telles études peuvent maintenant bénéficier du développement d’un test de phénotypage en conditions contrôlées avec analyse d’image qui décompose les 1^e étapes du cycle infectieux. Dans le cadre du projet Ecophyto ‘Dureban’, les résistances d’un panel de bananiers principalement diploïdes, incluant le pool de géniteurs utilisés dans le programme d’amélioration variétale, ont été caractérisés à l’aide de ce test de phénotypage. Une F1 entre 2 bananiers aux profils contrastés a également été phénotypée et génotypée et permis d’identifier les 1^e QTLs de résistance. Ces travaux ont été menés avec l’équipe GABA et l’UMR PHIM.