Type de financement : CIFRE – Société Rémy-Cointreau

Début de thèse : Début 2024   Durée : 3 ans

Lieu : UMR AGAP Institut INRAE-CIRAD Corse – Station INRAE 20230 San Giuliano

Dépôt de dossier de candidature avant le 30 novembre 2023 à Luro François (francois.luro@inrae.fr)

Objectifs : La société Rémy Cointreau fabricant de spiritueux à base d’agrumes souhaite mieux maitriser la qualité du produit transformé et surtout de la matière première initiale (peaux d’agrumes). Les pays sources sont soumis à plusieurs contraintes environnementales biotiques (HLB, phytophthora) et abiotiques (déficit hydrique et salinité). Le choix du porte-greffe est déterminant dans l’adaptation des cultures à ces contraintes. Un des objectifs de la thèse est d’évaluer l’impact de ces stress sur les huiles essentielles (rendement, composition et arome, bases aromatiques du produit transformé. D’un point de vue scientifique nous décrypterons les réactions des arbres soumis à ces contraintes tant au niveau physiologique que biochimique (mécanismes de défense vis-à-vis du stress oxydatif). Par ailleurs nous analyserons et identifierons les composés volatils (VOCs) émis lors de ce stress et évaluerons leurs capacités de prémunition (induction de mécanismes de tolérance), comme il est décrit dans la littérature. Si les résultats sont concluants, des applications peuvent être envisagées tant en vergers que sur jeunes plants en serre. Pour cette thèse nous envisageons de réaliser des expériences contrôlées sous serre sur des arbres adultes fructifères mais également de disposer d’une expérimentation en Guadeloupe où des arbres de bigaradier de ploïdies différentes (di et tétra) sont exposés à l’infestation HLB ambiante (maladie bactérienne). L’objectif dans ce cas est double, mesurer l’impact de la maladie sur la qualité des huiles essentielles mais aussi d’évaluer l’effet de la ploïdie tant au niveau scion que porte-greffe. Les arbres tétraploïdes (diploïdes doublés) sont moins sensibles à la maladie, du fait de l’augmentation du diamètre des vaisseaux conducteurs de sève. 

Enfin, on évaluera l’hérédité de la tolérance aux stress abiotiques dans une progéniture de 60 hybrides issus d’un croisement entre 2 génotypes hybrides (1 interspécifique et 1 intergénérique) utilisés habituellement en tant que porte-greffes. Des mesures physiologiques (conductance stomatique, activité photosynthétique, Fv/Fm) mais aussi morphologiques (croissance racinaire et hauteur de plants) seront réalisées pour cette évaluation. Ce phénotypage permettra de constituer des groupes phénotypiques (Bulks) dont on extraira les ARN qui seront ensuite séquencés. L’analyse des RNAseq permettra d’identifier les gènes communs exprimés différentiellement dans les différentes bulks. Ces gènes seront par la suite, dans un autre projet, positionnés sur une carte génétique et comparés à la position des QTLs identifiés.

La thèse s’appuiera sur des ressources biologiques présentes à l’UMR AGP de Corse, à l’UMR AGAP Antilles, sur des compétences de l’analyse des huiles essentielles par CPG-SM et de l’analyse du stress oxydatif (Université de Corse), l’analyse sensorielle de Rémy Cointreau (panel d’experts) et de la physiologie des plantes de l’équipe SEAPAG de l’UMR AGAP et des analyses bioinfo d’une équipe d’APAGP Montpellier.

Connaissances et compétences requises chez le(la) candidat(e): maîtrise des concepts dans les disciplines suivantes chimie (méthodes d’analyse), biochimique (enzymologie), physiologie (photosynthèse) et des notions génomique (expression de gènes). La personne devra avoir une formation solide et une pratique de la gestion et de l’analyse de données (maîtrise de R) et une certaine appétence pour apprendre la bio-info avec un encadrement local (analyse RNAseq). Un fort intérêt pour la biologie de la plante et l’expérimentation de terrain est aussi nécessaire. Le/la candidat(e) aura également une motivation importante pour l’interdisciplinarité, le travail en équipe, et le co-encadrement de stagiaires. Autonomie, sens de l’organisation et rigueur méthodologique sont indispensables. Le/la candidat(e) devra avoir également une motivation importante pour l’interdisciplinarité, le travail en équipe, et le co-encadrement de stagiaires. Autonomie, mobilité (déplacements en Corse, Montpellier, Angers et Guadeloupe), sens de l’organisation et rigueur méthodologique sont indispensables de même qu’un niveau d’anglais correct tant écrit qu’oral. Le permis B est obligatoire.

Dossier de candidature : CV détaillé - lettre de motivation en précisant en quoi la formation pédagogique et les expériences professionnelles sont en adéquation avec le sujet de thèse, notes d’examens des matières de votre formation (Master ou Ecole d’ingénieur), les coordonnées de personnes pouvant vous recommander, et toute autre pièce qui vous jugerez utile de fournir.