Les principaux objectifs concernent la qualité du tubercule, la résistance aux maladies et l'adaptation aux systèmes de cultures à faibles intrants (i.e. sols pauvres et compétitivité fortes des plantes adventices). Pour ce faire, l'équipe participe à plusieurs projets internationaux, en appui aux programmes d'amélioration génétique du Cirad et de ses partenaires, afin de développer (i) des méthodes de phénotypage haut débit faisant appel aux dernières technologies (analyse d'images multispectrales, spectrométrie proche infrarouge, machine learning, etc.), (ii) la création de populations et (iii) la production de données génomiques.
Vous aurez pour mission d'établir les liens entre le génome et le phénome afin de déterminer l'architecture génétique des trais ciblés. Les analyses mises en œuvre devront intégrer les spécificités biologiques de l'espèce : multiplication végétative et polyploïdie. Ces travaux contribueront ainsi à optimiser les stratégies d'amélioration et les méthodes de sélection, notamment via le transfert de technologie et le renforcement des capacités de nos partenaires en Afrique de l'Ouest (SNRA, CGIAR et Universités).
L'équipe fait partie du pôle de recherche « Structure & Dynamique des Génomes » qui travaille sur des plantes avec des caractéristiques similaires tels que la canne à sucre, le bananier et les agrumes. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les chercheurs de ce pôle. De plus, au sein de l'unité, il existe une importante animation en génétique quantitative et méthodologies de la sélection à laquelle vous participerez. Vous bénéficierez donc d'un environnement propice pour développer ces recherches.
Vous aurez notamment pour mission :

• d'identifier le déterminisme génétique des caractères d'intérêt,
• de combiner théorie, simulations et données phénotypiques et génomiques afin de développer de nouvelles approches de prédiction et de sélection multicritères, 
• de contribuer à la mise en place d'expérimentations et d'effectuer les analyses de données produites par l'équipe (phénotypiques, génotypiques, génomiques et physico-chimiques),
• de publier les résultats dans des revues internationales,
• de contribuer au montage et à la conduite de projets nationaux et régionaux,
• de contribuer à la réflexion transversale de l'unité sur ses questions de recherche et à l'animation scientifique (20% de temps).
• de participer à l'encadrement des stagiaires et des doctorants,
• de participer aux enseignements portés par l'unité : académique, ateliers, écoles chercheurs, …

Profil souhaité

• Doctorat en génétique quantitative et/ou amélioration des plantes ou doctorat dans une discipline afférente complété par une expérience professionnelle en génétique quantitative et/ou amélioration des plantes
• Maitrise des méthodes de cartographie génétique et génétique d'association, utilisant le génotypage haut débit (WGS, GBS, etc.)
• Compétences avérées en statistiques.
• Compétences en génomique appréciées.
• 1ère Expérience professionnelle ou de recherche après la thèse appréciée
• Très bonne pratique de l'anglais écrit et oral, maîtrise du français souhaitée
• Pratique de gestion des données appréciée (compétences en PGD, partage de scripts, travail collaboratif)
• Capacité avérée à l'écriture scientifique,
• Expérience de montage de projets appréciée
• Forte motivation pour travailler en équipe et en interdisciplinarité.
• Expérience de terrain appréciée
• Aptitude pour construire et conduire des collaborations avec des partenaires de développement et de recherche
• Aptitude et goût pour le travail en expatriation.