En utilisant le séquençage par génotypage de 40 accessions de D. alata, nous avons identifié 4593 SNP de très bonne qualité. Cent quatre-vingt-seize de ces SNP ont été sélectionnés pour représenter l'ensemble des données et utilisés pour concevoir des marqueurs de type KASPar. Les données ont été validées sur 141 accessions du Centre de Ressources Biologiques des plantes tropicales (CRB-PT) et la collection du Cirad. Ainsi, 129 SNP ont été convertis avec succès en marqueurs. Les niveaux de ploïdie des accessions peuvent également être estimés avec précision à l'aide de ces marqueurs.

Nous avons effectué le reséquençage du génome complet de plusieurs variétés de D. alata ainsi que les différentes accessions de D. nummularia. Ces séquences constituent une ressource génomique considérable pour nos recherches. Nous avons également produit les séquences complètes des chloroplastes et des séquences nucléaires par capture de plusieurs espèces asiatiques et océaniennes, obtenues de nos partenaires ou à partir des herbiers internationaux. Ces données sont actuellement utilisées pour identifier les apparentés des D. alata et déterminer le statut phylogénétique des variétés hybrides D. alata x D. nummalaria.

Dans le cadre du projet ARCAD (www.arcad-project.org ), nous avons fourni le matériel végétal au plateau de génotypage pour les extractions et le séquençage d'ARN de D. alata. L’équipe de Southgreen (www.southgreen.fr) a effectué un assemblage de novo du transcriptome et son annotation. Les données ont été utilisées par l’équipe du JIRCAS pour l’assemblage de novo du génome de D. rotundata et par l’équipe de l’Université de Berkeley pour l’assemblage de novo de celui de D. alata. Dans le cadre du projet RTBfoods (https://rtbfoods.cirad.fr/fr), des données de RNA-seq ont été générées à partir des tubercules de variétés contrastées pour des traits de qualité. Les données ont permis d’étudier des voies métaboliques et d’identifier des gènes candidats influençant la qualité de l’igname.

Les travaux sur le transcriptome de D. alata ont été soutenus par le projet ARCAD et RTBfoods. Le génotypage par séquençage et les séquençages de génomes complets ont été financés par le CRP-RTB, Cluster « Next generation breeding ». Enfin, le travail sur la définition de marqueurs Kaspar a été financé par le projet Feder « Cavalbio » financé par la région et l’union européenne.

• Cormier Fabien, Mournet Pierre, Causse Sandrine, Arnau Gemma, Maledon Erick, Gomez Rose-Marie, Pavis Claudie, Chaïr Hâna (2019). Development of a cost‐effective single nucleotide polymorphism genotyping array for management of greater yam germplasm collections. Ecology and Evolution, 9 (10): 5617-5636. https://doi.org/10.1002/ece3.5141

• Sarah G., Homa F., Pointet S., Contreras S., Sabot F., Nabholz B., Santoni S., Sauné L., Ardisson M., Chantret N., Sauvage C., Tregear J., Jourda C., Pot D., Vigouroux Y., Chaïr H., Scarcelli N., Billot C., Yahiaoui N., Bacilieri R., Khadari B., Boccara M., Barnaud A., Péros J.P., Labouisse J.P., Pham J.L., David J., Glemin S., Ruiz M. 2017. A large set of 26 new reference transcriptomes dedicated to comparative population genomics in crops and wild relatives. Molecular Ecology Resources, 17 (3) : p. 565-580. http://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.12587