Après l’assemblage et l’annotation du premier génome nucléaire du bananier (D’Hont et al. 2012), notre équipe est impliquée dans la production de plusieurs autres séquences de référence.

La première séquence de référence produite concernait l’accession Pahang HD, un haploïde doublé de Musa acuminata sous-espèce malaccensis. Cette séquence de 472.2Mb a été obtenue par séquençages Sanger et 454 et assemblée grâce à l’information de fragments pairés de différentes tailles incluant des BAC-ends. Une deuxième version de cette séquence de référence a été produite avec l’analyse bio-informatique de données NGS composites et la réalisation d’une nouvelle carte génétique (Martin et al. 2016) pour obtenir 90% de séquences ancrées et une N50 de 3Mb. Plus récemment les technologies de séquençage « Long Read » ont permis d’améliorer encore cette référence et d’obtenir un assemblage de très haute qualité  de 484Mb de standard « Telomere-to-Telomere », avec 100% de séquences ancrées et une N50 à 32Mb (Belser et al. 2021)

Nous avons également participé à la production de l’assemblage  des génomes de plusieurs autres espèces de bananier qui sont impliquées dans les cultivars en utilisant plusieurs technologies NGS (Long-read Nanopore, PacBio, Cartes optiques, Hi-C): Musa balbisiana (2n =2x =22,  430Mb assemblé, N50 5.5 Mb) (Wang et al. 2019), Musa schizocarpa (2n = 2x =22,   519Mb assemblé, N50 10 Mb) (Belser et al. 2018). Nous avons également collaboré à l’analyse de la séquence de référence d’Ensete glaucum (2n = 2x =18,  482Mb assemblé, N50 10 Mb (Wang et al. 2022).

• Belser C, Baurens F-C, Noel B, Martin G, Cruaud C, Istace B, Yahiaoui N, Labadie K, Hřibová E, Doležel J, et al. 2021. Telomere-to-telomere gapless chromosomes of banana using nanopore sequencing. Commun. Biol. 4:1047.
• D’Hont A, Denoeud F, Aury J-M, Baurens F-C, Carreel F, Garsmeur O, Noel B, Bocs S, Droc G, Rouard M, et al. 2012. The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants. Nature 488:213–217.
• Wang Z, Rouard M, Biswas MK, Droc G, Cui D, Roux N, Baurens F-C, Ge X-J, Schwarzacher T, Heslop-Harrison P (J S, et al. 2022. A chromosome-level reference genome of Ensete glaucum gives insight into diversity and chromosomal and repetitive sequence evolution in the Musaceae. GigaScience [Internet] 11. Available from: https://academic.oup.com/gigascience/article/doi/10.1093/gigascience/giac027/6576245
•  Belser C, Istace B, Denis E, Dubarry M, Baurens F-C, Falentin C, Genete M, Berrabah W, Chèvre A-M, Delourme R, et al. 2018. Chromosome-scale assemblies of plant genomes using nanopore long reads and optical maps. Nat. Plants 4:879. doi: 10.1038/s41477-018-0289-4
• Martin G, Baurens F-C, Droc G, Rouard M, Cenci A, Kilian A, Hastie A, Doležel J, Aury J-M, Alberti A, et al. 2016. Improvement of the banana “Musa acuminata” reference sequence using NGS data and semi-automated bioinformatics methods. BMC Genomics 17:243–255. DOI: 10.1186/s12864-016-2579-4
• Rouard M, Droc G, Martin G, Sardos J, Hueber Y, Guignon V, Cenci A, Geigle B, Hibbins MS, Yahiaoui N, et al. 2018. Three new genome assemblies support a rapid radiation in Musa acuminata (Wild Banana). Genome Biol. Evol. 10:3129–3140. DOI: 10.1093/gbe/evy227
• Wang Z, Miao H, Liu J, Xu B, Yao X, Xu C, Zhao S, Fang X, Jia C, Wang Jingyi, et al. 2019. Musa balbisiana genome reveals subgenome evolution and functional divergence. Nat. Plants 5:810–821.DOI: 10.1038/s41477-019-0452-6