Une étude de la diversité du pathogène et de ses effecteurs a permis de proposer une méthode de classification intra-espèce. Des souches représentatives de cette diversité ont été inoculées sur une gamme de clones, révélant l’existence de pathotypes distincts, définis par des profils de virulence spécifiques (interactions clones x souches).  La mise en évidence de ces pathotypes est essentielle pour définir des stratégies de phénotypage adaptées.

Dans le cadre du projet en cours (IFC-Corynespora6), une centaine de clones issus du programme de création variétale IFCCV sont actuellement évalués pour leur sensibilité aux principaux pathotypes de Corynespora, selon trois méthodes de phénotypage : 

-          En mesurant les fuites d’électrolytes induites par des filtrats de culture fongique, en Côte d’Ivoire (WP1)

-           Par inoculation de spores en conditions contrôlées sur des feuilles issues de plants en serre à Montpellier (WP2)

-          En mesurant les symptômes en conditions naturelles, dans des champs d’évaluation de clones en Côte d’Ivoire (WP3)

Par ailleurs, des outils de diagnostic moléculaire direct (par qPCR) sont développés pour quantifier spécifiquement les principaux pathotypes de C. cassiicola dans les feuilles d’hévéa (WP4.1). Ils sont appliqués en appui du WP3 pour caractériser l’inoculum naturel responsable des symptômes observés in situ.