LANDSREC Les paysages à haute résolution lors de la recombinaison méiotique du riz

Mieux comprendre les facteurs épigénétiques et génétiques intervenant dans la distribution des cross-overs méiotiques pour établir un outil prédictif de leur réalisation dans les analyses génétiques et en amélioration des plantes

Date de début de projet

01/01/2022

Date de fin du projet

31/12/2025

Objectifs

LANDSREC associe des expertises en biologie cellulaire (AGAP), épigénomique (IPS2), génétique (DIADE, AGAP) et bioinformatique (AGAP, DIADE) pour établir la distribution des cassures double brin (CDB) et des COs méiotiques dans un génome modèle (parents et hybride F1 indica/japonica) de céréale, le riz,  et les mettre en regard des paysages chromosomiques à haute résolution (marques epigénétiques, polymorphisme de séquence et variations structurales) afin :

i. De mieux comprendre les facteurs intervenant dans la réalisation des CDB

ii.De déterminer l’influence du polymorphisme de séquence et des variations structurales sur la réparation des CDB en CO

iii.D’établir un modèle prédictif de la réalisation d’un CO dans une région chromosomique donnée lorsque la séquence des deux parents est connue et d’en visualiser la probabilité sur un navigateur génomique (RGH)

Description

LANDSREC associe des expertises en biologie cellulaire (AGAP), épigénomique (IPS2), génétique (DIADE, AGAP) et bioinformatique (AGAP, DIADE) et est organisé en 4 lots de travaux (WP) :

  • WP1 : Epigénomique des chromosomes en prophase de méiose chez les méiocytes mâles purifiés (IPS2, AGAP) (IR64, Azucena, hybride IR64/Azucena, meiotique vs. somatique)WP2 :  Paysage des CDB à haute résolution par séquençage des oligonucléotides liés à SPO11 (AGAP, IPS2)
  • WP3 :  Paysage des CO à haute résolution par analyse des séquences de 2000 F2. Mise en relation avec le polymorphisme et variations structurales entre parents pour l’établissement du modèle. Test du modèle dans une population hyper-recombinante du même croisement et des populations NAM d’autres croisements. (DIADE, AGAP)
  • WP4 :  Intégration des données génomiques et développement d’un outil de visualisation de la probabilité de CO dans le rice genome hub (AGAP, DIADE)

Partenaires

CIRAD, IRD, UPS

Equipe

Génétique et innovation variétale (GIV)

Financement

ANR, 590 K€

Méiose, recombinaison, cassures double brin, cross-overs, prédiction