Description

Le projet regroupe 10 croisements de 6 espèces différents, et se décompose en quatre axes. Dans le premier, nous analysons des données phénotypiques déjà collectées sur des croisements des différentes espèces dans les stations expérimentales de l’Inra. Dans le deuxième, nous génotypons les individus de ces croisements par séquençage en utilisant une enzyme de restriction et en multiplexant les échantillons pour diminuer les coûts sans perdre en précision. Dans le troisième, nous analysons les séquences afin d’identifier des polymorphismes densément et régulièrement répartis sur le génome de chacune des espèces. Dans le quatrième, nous entraînons différents modèles statistiques pour estimer l’architecture génétique des caractères d’intérêt, ce qui nous permet d’évaluer la précision de prédiction des valeurs génotypiques. C’est à partir de ces valeurs génotypiques prédites que la sélection génomique peut ensuite s’opérer.

Afin de collaborer efficacement entre partenaires et de les fédérer, ce projet innove par la mise en place d’un dépôt informatique permettant de partager fichiers de données et codes informatiques afin de travailler sur les mêmes versions. L’ensemble des analyses vise également à être reproductible afin de promouvoir la transmission du savoir-faire entre partenaires.