Ces recherches sont centrées sur la partie aérienne, en considérant diverses échelles depuis l’individu jusqu’aux organes et aux processus physiologiques et moléculaires. La dormance, la floraison et la dynamique de mise en place de la structure sont analysés en prenant en compte les facteurs génétiques et les interactions avec les conditions environnementales. Les études génétiques et moléculaires portent sur la phénologie florale en réponse aux fluctuations des températures, sur l’intensité et la régularité de floraison et de floraison au cours des années successives, et sur les caractères architecturaux.

Les espèces étudiées sont principalement le pommier et l’olivier. Le pommier est l’espèce sur laquelle nous développons l’essentiel de nos travaux en architecture, et en modélisation structure-fonction, et plus récemment sur le contrôle moléculaire de la phénologie florale. Les études de génétique quantitative portent sur des traits d’intérêts agronomiques, en prenant en compte les dépendances entre années consécutives et/ou entre entités de l’arbre. L’olivier, espèce d’importance majeure en région méditerranéenne, est le support d’études très originales sur la diversité et la domestication de l’espèce autour du bassin méditerranéen, en collaboration avec le CBNMed. Ceci permet d’envisager sur cette espèce un continuum entre l’étude de la diversité génétique et celle de caractères d’intérêt agronomique, en lien avec l’adaptation de l’arbre aux conditions climatiques, avec de nombreuses collaborations en Méditerranée. D’autres espèces, sont travaillées de façon plus ponctuelle dans le cadre de collaborations.

Les recherches conduites dans l’équipe AFEF se situent principalement dans la thématique « Développement et Adaptation des plantes et des peuplements » de l'unité, avec une interface forte avec la thématique « Analyse de la Diversité » pour l’Olivier. Elles contribuent au Groupe Fruits du Département BAP d’INRAE et à différents collectifs nationaux (GIS FRUITS) et internationaux tels que la Société Internationale d’Horticulture (ISHS), le Groupe « Génomique des Rosacées » (RGC) et pour la modélisation Structure-Fonction des Plantes (FSPM, PMA).

Nous avons contribué à de nombreux contrats internationaux, dont les projets européens FriendlyFruit (KIC climate) et Invite (H2020) sur pommier, PestOlive (H2020) et BeFOre sur olivier, à des projets bilatéraux PRCI ANR-DFG AlternAp et FSPM-Apple et Agropolis-EMBRAPA dans le projet DormAp, des projets nationaux, dont  les projets AppStress, et GenFun sur pommier ainsi que OlivMed sur olivier.