Phénotypage et modélisation des plantes dans leur environnement agro-climatique (PhenoMEn)

Objectifs

Date de mise à jour : 25 février 2022

Les objectifs de PhenoMEn sont de fournir les connaissances et outils (modèles, méthodes) pour analyser les déterminismes génétiques et environnementaux de la variabilité des phénotypes, en vue d’orienter la sélection variétale et la conduite des cultures. Nos travaux se placent dans l’optique de mieux combiner productivité et durabilité dans des conditions de cultures complexifiées par la transition agro-écologique.

Une hypothèse majeure de nombreux travaux de recherches menés dans l’équipe est que la plasticité du développement et des relations source-puits en carbone dans la plante sont des leviers majeurs de son adaptation à l’environnement.  Ceci est adressé en combinant analyse et modélisation multi-échelle du phénotype (tissu, organe, plante, plantes en peuplement). Ce contexte fait que nous sommes en lien étroit avec les plateformes et plateaux d’AGAP Institut que sont PHIV, PPB et ECOPHY.

Au travers de nombreux projets collaboratifs, l'équipe combine des activités expérimentales sur le terrain (que ce soit près de Montpellier à Mauguio ou Lavalette, en Camargue mais aussi, et surtout, sur les terrains des dispositifs en partenariats au SUD : à Madagascar, au Burkina-faso, au Sénégal, en Colombie et au Cambodge entre autres) et/ou dans des conditions contrôlées (phytotrons du plateau ABIOPHEN du CIRAD) ou semi-contrôlées (chapelles de serre du plateau ABIOPHEN du CIRAD). 

L’ensemble du développement de méthodes et composants logiciels pour le phénotypage des plantes sont intégrés au sein de la plateforme OpenAlea (https://openalea.gforge.inria.fr), dont l’équipe coordonne le développement. Les sorties attendues sont (i) des modèles et des algorithmes pour la gestion et l’analyse des données de phénotypage ainsi que la simulation du développement spatio-temporel de plantes, (ii) les composants logiciels implémentant ces modèles et algorithmes et (iii) des résultats biologiques ou agronomiques clés obtenus sur cette base.

PhenoMEn inscrit actuellement, mais pas exclusivement, ses recherches dans l’étude des systèmes culturaux suivants :

  • rizicoles pluviaux à bas intrant (Madagascar, DP SPAD) et irrigués (Amérique latine, Asie DP ASEA ; Camargue) ;
  • en zone sèches en Afrique de l’ouest (DP IAVAO, ASAP) et intensifs alternatifs en Europe pour le développement du sorgho pluri-usage (biomasse, grain, sucre) ;
  • intensifs ou de petit paysannat pour l’adaptation au climat du palmier à huile (Asie, Afrique : PT-SMART ; CIGE).

Date de mise à jour : 25 février 2022